Puskesmas Kelapa Gading berdiri secara definitif tanggal 29 April 1991 yang semula masih dibawah perwakilan Puskesmas Kecamatan Koja, berlokasi di Jl. Pelepah Elok Blok HF No. 7 Kelurahan Kelapa Gading Barat Kecamatan Kelapa Gading Kota Administrasi Jakarta Utara. Sejak berdiri sampai dengan sekarang, Puskesmas Kelapa Gading sudah mengalami 3 kali berpindah lokasi Puskesmas Kecamatan yaitu tahun 1991-1995 berlokasi di tempat yang sekarang menjadi Puskesmas Kelurahan Gading Timur I dan tahun 1996-2003 Puskesmas Kecamatan berlokasi di Jl. Gandang No. 1 yang sekarang menjadi Puskesmas Kelurahan Pegangsaan II B. Kemudian dari tahun 2003 sampai dengan saat ini, Puskesmas Kecamatan berlokasi di Jl. Pelepah Elok Blok HF No. 7 Kelurahan Kelapa Gading Barat.